Dans un monde où l'alchimie est une science d'État, les frères Edward et Alphonse Elric tentent l'impensable : ressusciter leur mère grâce à une transmutation humaine. L'expérience tourne au désastre : Edward perd un bras et une jambe, Alphonse son corps, son âme étant scellée dans une armure. Devenus alchimistes d'État, les deux frères se lancent sur les routes à la recherche de la légendaire Pierre philosophale, seule chance de retrouver leurs corps.
En chemin, ils découvrent les coulisses d'un régime militaire autoritaire, des complots impliquant les plus hauts niveaux de l'armée, une guerre d'extermination passée sous silence et une force inhumaine qui manipule le pays depuis l'ombre.
Mêlant aventure, drame politique, questionnements éthiques et humour, Fullmetal Alchemist est devenu l'un des grands récits fondateurs du manga moderne, marquant une génération de lecteurs et de spectateurs dans le monde entier.
Le film spécial 15ᵉ anniversaire reprend les épisodes 59 à 64 de Fullmetal Alchemist: Brotherhood, remontés pour le grand écran, et s'ouvre sur un message enregistré par le réalisateur Yasuhiro Irie. Il propose de revivre, dans les conditions du cinéma, le final spectaculaire de la série : le conflit ultime contre “Père”, la mobilisation générale des personnages et la conclusion de la quête des frères Elric.